A Fertő tó a földrajzi és hidrológiai adottságai alapján a magas sókoncentrációjú sztyepptavak legnagyobb nyugati képviselője. Nagy valószínűséggel a pleisztocén utolsó interglaciális időszaka alatt
tektonikus süllyedés során keletkezett és a Hanság-medencével együtt vált lefolyástalan területté. A Fertő tavat tápláló vízfolyások (melyek közül a fontosabbak a Wulka és a Rákos-patak) fokozatosan, hátrarágódó erózióval képződtek.
A domborzatot tekintve a vízgyűjtőterület három különböző jellegű területre bontható: a Lajta- hegység keleti nyúlványai hegyvidéki, a vízgyűjtő nyugati, északi és északkeleti része dombvidéki, míg a keleti területen elterülő Fertőzug síkvidéki jellemzőket mutat.
A vízgyűjtőterület teljes nagysága 1 116 km2, ebből a tó medrének területe 309 km2. A tó és a tavon kívüli vízgyűjtőterület aránya 1:2,6, ami a vízháztartási jellemzőkre is kihatással van.
Megjegyzés: a tó mederterülete 116,00 m o.A.f. vízszinthez tartozóan 321,88 km2.
A Fertő tó 1600 és 1960 közötti vízszint-ingadozásait és vízállásait régi feljegyzésekből és tudósítások kiértékeléséből ismerjük. A történelmi vízszintingadozások visszatérően mutatnak alacsony vízszinteket, sőt a tó teljes kiszáradását is. Emellett ismétlődő magas vízállások is megjelennek az időszakban. 1965-től a közepes vízszintek jelentős növekedése figyelhető meg. Ez a Mekszikópusztai-zsilip kezelési szabályzatának átalakításához, illetve optimalizálásához köthető.
A Hansági-főcsatorna kialakítása összhangban állt azokkal a tervekkel, amelyek a Hanságnak a Rába, a Rábca és a Duna árvizeitől való védelmét és a kiterjedt síkságokat mezőgazdaságilag hasznosíthatóvá tételét érintik, ideértve a Fertő tó térségét is. Az 1873-ban alapított Rábaszabályozó Társulat által létesített töltések a Rába és a Rábca mentén sikeresen meggátolták az árvizek behatolását a Hanságba. A Fertő tavat a Rábcával összekötő csatorna – azaz a Hansági-főcsatorna (németül Einser-Kanal) – 1909-ben készült el. Ezzel a tó hatékony szárazra kerülését nem érték el, a csapadékban gazdag időszakokban továbbra is magas vízszintek jelentkeztek. A Fertő-csatornák eredményes kialakítása után és a Mekszikópusztai-zsilip kezelési szabályzatának 1965-ös hatékonnyá tétele előtt a vízszint körülbelül fél méterrel alacsonyabb volt, mint az ezt követő időszakban. Jelenleg a Hansági-főcsatorna jelenti az egyetlen lehetőséget a tó nagyvizeinek levezetésére. A tóból csatorna vezet a Mekszikópusztai-zsiliphez, ahol a zsilipkezelési szabályzatnak megfelelően vezetik le a tó vizét. A Hansági-főcsatorna a Rábcába torkollik, ami továbbhaladva Győrnél a Mosoni-Dunába jut. A torkolatnál található az Abdai árvízkapu, amit a dunai árvizeknél lezárnak, hogy meggátolják a visszaduzzasztott Duna-víz Rábcába jutását.
A vízmérleg komponensek fontos alapot képeztek a jelenleg is érvényben lévő 2011-es zsilipkezelési szabályzat kidolgozásánál. Osztrák és magyar adatokból évente állítják össze a vízmérleg adatok napi értékét az ellenőrzött nemzeti adatsorokból.
A Fertő tó aktuális vízszintadatai online elérhetőek a burgenlandi vízügyi honlapon:
https://wasser.bgld.gv.at/hydrographie/die-seen/mittler-wasserstand-neusiedler-see/
Forrás: Fertő tó Stratégiai tanulmány 2014