Június 8-án erős csapadékhullás kezdődött Bajoroszágban és Ausztriában, amely összességében 5 nap alatt a bajor vízgyűjtőkön területi átlagban 60 mm, míg az Inn, a Traun és az Enns vízgyűjtőjén 100-140 mm esőt jelentett. Ezekben a napokban erős hóolvadás is megindult a hegyekben. Mindezek és az átázott talaj hatására a lehullot csapadék jelentős része megjelent a folyókon, és a már magas mederteltség miatt a kialakuló árhullám ellapulására sem lehetett számítani.
A Lajtán ez már az ötödik árhullám volt, amelynek tetőzése Mosonmagyaróvárnál meghaladta az áprilisi árhullám maximumát: 315 cm-rel tetőzött úgy, hogy jelentős mennyiségű víz folyt ki a mentett oldalra.
A Rábán is elindult az ötödik önálló árhullám, amely az alsó szakaszon ugyan ellapult, de így is fenntartotta Árpásnál a 400 cm feletti vízállást, és 484 cm-rel tetőzött június 10-én.
A dunai árhullám június 16-án érte el a magyarországi folyószakaszt, és Dunaremeténél III. fokú készültség szintje felett, 654 cm-rel tetőzött. A Komárom - almásfüzitői szakaszon a komáromi pályaudvar előtt építés alatt lévő árvédelmi töltés valamint az árvédelmi vonalként szereplő Budapest - hegyeshalmi vasútvonal Komárom – Dunaalmás közötti szakaszának magassági hiánya teremtett súlyos helyzetet. Ezért a komáromi pályaudvar előtt ideiglenes védvonal építése vált szükségessé. A Komárom - Almásfüzitő közötti vasútvonal mentén mintegy 6 km hosszban nyúlgátat kellett építeni.
Megfeszített erővel folyt a védekezés és a szinte folyamatosan ülésező Védelmi Bizottság ülésén június 15-én Putz József vízügyi igazgató bejelentette: Megmenekültünk! „Most kaptam a hírt, hogy a Dunán hirtelen apadás figyelhető meg. Mivel nálunk minden védtöltés áll, ennek csak ez lehet az oka, hogy a balparton töltésszakadás következett be." Sajnos a csallóközi oldal nem menekült meg: Június 15-én 11 órakor a csehszlovák oldalon a Zsitva torkolatnál, míg június 17- én 11 órakor Csicsónál következett be töltésszakadás. Ennek hatására a Nagybajcs- Esztergom szakaszon az előrejelzettnél alacsonyabb szinten tetőzött a folyó: Nagybajcsnál így is 778 cm, Komáromnál 781 cm, míg Esztergomnál 740 cm volt a maximális vízállás.