1991. július 29. és augusztus 11. között két árhullám vonult le a Duna teljes hosszán és a Lajtán III. fokú készültség elrendelése mellett. A második Dunai árhullám Dunaremeténél 30 cm-rel meghaladta az eddigi maximumot, és Nagybajcsnál csak 1 cm-rel maradt el az 1965-ös és az 1954-es árvíz szintjétől. A Szigetközi szakaszon az eddigi legnagyobb, 9500 m3/s vízhozamot mérték. A védekezést nehezítette, hogy a Bős-Nagymaros Vízlépcsőrendszer leállítása miatt az építési munkákat félbehagyott állapotban találta az árvíz. A Duna, a Mosoni-Duna, és a Marcal védvonalai mentén és a nyílt ártéri településeken megfeszített védekezési munka folyt.
A védvonalak jelentős fejlesztése miatt nem átfogó hossz menti, hanem pontszerű jelenségek elleni védekezésre volt szükség. Az átszervezések miatt a vízügyi létszám közel egyharmadára csökkent, ezért a védekezésekhez jelentős társ Vízügyi Igazgatósági és idegen létszámot kellett igénybe venni.
A Lajtán az addigi legnagyobb vízhozamú, minden idők második legmagasabban tetőző és két egymást követő árhullám következtében komoly jelenségek alakultak ki a védvonalak mentén, melyeket fokozott a több árhullám összeérő hosszú idejű magas szinten történő tetőzése. A másodrendű védvonalakon helyenként átbukott a víz a szükségtározóba. A két Lajta között az osztrák területen elöntések keletkeztek, a kiömlött vizet az Összekötő csatorna bal partjának megbontásával tudták a Balparti csatornába vezetni.
1996. áprilisában hosszan tartó esőzés hatására a Hanságban és a Rába mentén hatalmas területeken jelentkezett belvízi elöntés, ezt tetézte a több napon át tartó jelentős mennyiségű csapadék, mely hatására heves árhullám vonult le a Rábán, Répcén, Marcalon és a Rábcán III. fokú készültség elrendelése mellett. A legjelentősebb védekezési munkákat (buzgárok, szivárgás, csurgás, átázás, fakadóvíz ellen) a Marcal mentén és a Rába jobbparton kellett végrehajtani, a Marcal torkolatában töltésátázás miatt a mentett oldali rézsű megcsúszott. A Nicki üdülőtelep egy részéről menteni kellett az értékeket. A megelőző években végrehajtott nagyszabású szervezeti átalakulás miatt ez erősen próbára tette a védelmi szervezetet.
1997. július 7-29. között két jelentős árhullám vonult le a Dunán, és az eddigi legmagasabb a Lajtán. Ez utóbbinál ideiglenes árvízvédelmi művek építésére, operatív beavatkozásokra, szivattyúzásra és vízkormányzásra volt szükség Mosonmagyaróvár város védelme érdekében. Az országhatár közelében a másodrendű védvonalakon vízátfolyások keletkeztek, majd július 11-én megnyitottuk a szükségtározót, amivel mérsékelni lehetett a tetőző vízállásokat.
2002-ben a Dunán rekord magasságú árvíz vonult le. Augusztusban a lehullott jelentős csapadék következtében rendkívüli áradás kezdődött a Duna felső szakaszán, és mellékvízfolyásain. Az árvíz Ausztriában katasztrofális elöntéseket okozott. Az áradás a dunacsúnyi tározó előürítése miatt az osztrák szakasz áradásával szinte egyidejűleg megjelent a Szigetközben. Az árvíz megosztása az alvízcsatorna és a Duna főmeder között először történt meg, de az erőmű vízlevezető kapacitása az alvízszint növekedése és az emiatt csökkenő vízszintkülönbség miatt egyre kisebb lett, ezért az árvíz levezetésében a Duna eredeti „öreg” medre egyre nagyobb szerepet kapott. Az alvízcsatorna alatti Duna szakaszon lefolyó árvíz miatt az Alsó-Szigetközben jelentős hosszúságú nyúlgát építése mellett le kellett zárni a Vámosszabadi szlovák-magyar határt, mert a hidat elöntötte a víz. Komoly probléma a Mosoni-Duna mentén mutatkozott, mert a bal parton a védvonalba épült Szavai zsilip a víznyomás hatására megmozdult. Itt be kellett avatkozni, a védekezés sikeres volt. Dunaszentpálnál az önkormányzatnak 6 km hosszú ideiglenes védvonalat kellett kiépítenie. A 2002. augusztusi árvíz legkedvezőtlenebb tapasztalata az volt, hogy az érkező vízhozam kisebb volt, mint az 1954 évi, de az magasabb szinten vonult le. Ennek fő oka a lefolyási viszonyok romlása volt az az árvízi mederben, ami a hullámtér helytelen használatára mutatott. A kezeletlen, helyenként sűrű, lefolyást akadályozó növényzet miatt kevesebb hely állt rendelkezésre a hullámtéren az árvíz levezetésére.
2006. rendkívüli árvíz a Dunán
A Duna vízgyűjtőjén 2006 év elején az átlagosnál jóval nagyobb hóban tárolt vízkészlet volt a jellemző, amelyre március végén kiterjedt eső hullott. Az eső és hóolvadás hatására kialakult négy árhullám a Duna magyarországi szakán egymásba csúszott és egy árhullámként vonult le Igazgatóságunk területén 2006. március 29. és április 14. között. A kialakuló vízállások magasságát jelentősen befolyásolták a Duna mellékfolyóin, a Morván, Garamon és Vágon egy időben levonuló árhullámok is. Komáromnál csak 20 cm-rel, Esztergomnál pedig csak 4 cm-rel maradt el a tetőző vízszint az akkori LNV szintjétől, így Komárom-Esztergom megyében rendkívüli árvízvédelmi készültséget rendeltek el.
A dunai rendkívüli árhullám levonulása után közvetlenül a Tiszán is rendkívüli árhullám alakult ki, így az Igazgatóságunkról 26 főt kellett átvezényelni a szolnoki székhelyű KÖTIKÖVIZIG árvízvédelmi vonalaira.
2009. június 24. és július 23. közötti időszakban az intenzív, ismétlődő, nagy mennyiségű csapadék árhullámot indított meg a Dunán, Rábán és a Lajtán. Mindhárom folyón III. fokú készültség elrendelése vált szükségessé, ráadásul a védekezést nehezítette a folyók közel egyidejű árhulláma.
A Rába felső szakaszán addig nem észlelt vízállásokat mértek. A Szentgotthárd-Körmend szakaszon négy különálló árhullám nálunk már egymásra halmozódott és két összefüggő tetőzést eredményezett, melyből az első az 1996-os szinteket is meghaladta, mivel az erős benőttség miatt a meder levezető képessége azóta sokat romlott.
Az intenzív esőzések hatására kialakult árhullámok a Lajtán olyan mértékű vízhozamokat és vízszinteket produkáltak, ami az Ausztriai szakaszán töltésmeghágásokhoz vezetett, és elöntésekkel járt annak ellenére, hogy ott a szükségtározók megnyitására is sor kerülhetett. A víz az Összekötő csatornánk országhatár felöli depóniáján keresztül folyt, illetve a mentett oldalon a határ felöl a Balparti csatorna fővédvonalát a mentett oldal felöl támadta, lokalizációs lehetőség híján az öblözetünk egy részén elöntéseket okozva. A magyar oldalon a magassághiányos szakaszokon nyúlgát építést és a jelenségek elleni védekezést folytattunk. Közben az intenzív vízállás emelkedések miatt az 1. számú szükségtározó megcsapoló jellegű igénybevételére került sor a Balparti csatorna töltésének megbontásával, és mezőgazdasági területek elárasztásával. Időközben a Lajta Balparti csatorna másodrendű védvonalát megközelíthetetlen cserjés helyen a víz meghágta, és a 2. számú szükségtározóba ömlött. 2 nappal később kezdődött meg a tározott víz fokozatos visszavezetése.
2010. júliusában és augusztusában a Lajtán minden idők harmadik és második legnagyobb árvizével kellett megküzdeni.
2010-es év a vízkárelhárítás minden területén megmérte a vízügyi igazgatóság felkészültségét. Az év jelentős dunai árvízzel kezdődött, majd a tavaszi időszakban a belvízi védekezés mellett a kisvízfolyásokon (Cuhai-Bakonyér, Concó, Által-ér, Unyi-patak, Kenyérmezei-patak, Nagy-Pándzsa) vonultak le rendkívüli készültséget és beavatkozásokat igénylő árhullámok. Több település egy-egy részét elöntötte a víz (Mezőörs, Bőny). A Cuhai-Bakonyér M1 autópálya hídjánál beszakadást és kiüregelődést észleltek, és a Bécs felé vezető sávot le kellet zárni.
2010.10.04-én az ajkai timföldgyár vörösiszap tározója átszakadt és ennek következtében a Torna-patakba 600-700 ezer m3 kb. 13 pH értékű, erősen lúgos kémhatású vörösiszap került. A katasztrófa halálos áldozatokat is követelt, s levonulva a Torna-patakon még a területünkhöz tartozó Marcal folyó alsó szakaszán is komoly vízminőségi problémát okozott, melyre eddig ismeretlen védekezési beavatkozásokat, majd helyreállításokat kellett végrehajtani több hónapon keresztül.
2013 júniusában rekord vízállásokat eredményező árhullám vonult le a Dunán. Május 30. – június 2. időszak négy napja alatt külön-külön is jelentős, összességében azonban rendkívüli mennyiségű csapadék hullott a Duna és nyugati mellékfolyóinak vízgyűjtő területeire. Az első csapadékos nap utáni ausztriai vízállás emelkedések intenzitásából lehetett érzékelni, hogy jelentős árhullám fog kialakulni. A kialakult árhullám az eddig mért maximumok felett 32-42 cm-rel tetőzött. A védekezni így nemcsak a töltéseken, hanem a magaspartokon is kellett, mert azok alacsonnyá váltak. Ideiglenes védműveket kellett kiépíteni Mecsér, Dunaszentpál és Tát lakott területeinek bevédésére összesen 22 km hosszban. A fővédvonalakon 20 km hosszban töltésmagasítást emeltek és az intenzívvé váló fakadóvíz és buzgárképződések elleni védekezést hajtottak végre. Győrújfalu térségében az éppen folyó töltéserősítési projekt által meggyengített Mosoni-Duna bal parti töltés védképességének helyreállítása érdekében, még helikopterek és katonai szállítójárművek igénybevételére is sor került. Győrújfalu kitelepítését is elrendelték, de hála a több ezres védekezők hősies munkájának a töltés védképességét visszaállították.
1999-2000 év – A Tiszán minden eddigit meghaladó szintű árvizek vonultak le. A védekezési munkából az Észak-dunántúli Vízügyi Igazgatóság dolgozói is kivették a részüket. A tiszai árvíz elleni küzdelem ismételten bizonyította a vízügyi szolgálat egységességét és ütőképességét.
Galéria a 2013-as árvízről Igazgatóságunk területén: