Az igazgatóság működési területéhez tartozó síkvidéki részt 11 belvízvédelmi szakasz fedi le. A belvizekkel veszélyeztetett térségének vízelvezetésére 19 szivattyútelep létesült, melyek folyamatosan korszerűsítésre, esetenként átépítésre kerültek. További szivattyúzási igény esetén a vízügyi igazgatóság szállítható szivattyúkkal is rendelkezik. A szivattyútelepi és szállítható szivattyú kapacitással a mai elvárásoknak megfelelően az elöntött területekről a belvíz gyors levezetése biztosított. Az összes szivattyú kapacitás mintegy 70 m3/s.
A hatékony belvízelvezetés csak akkor biztosítható, ha a medrek fenntartását (kaszálás, iszapolás) rendszeresen elvégezzük. Belvízvédekezésre majdnem minden évben sor került valamelyik belvízöblözetben. Az eddigi legjelentősebb belvízek 1963, 1965, 1975, 1983, 1986, 1996, 2002, 2006, 2013. években fordultak elő.
